موضوع کسری بودجه در ایران از دوره قاجار و با گسترش هزینه‌های دولت و ارتش ایجاد شد، با این حال امروزه مفهوم کسری بودجه و اهمیت آن در نظام بودجه‌ریزی دچار تغییرات عمده شده است.
به گفته رئیس سازمان برنامه و بودجه دولت سیزدهم،کسری بودجه برآوردی(عدم تحقق منابع) برای سال ۱۴۰۳برابر ۶درصد و معادل ۱۵۰ هزار میلیارد تومان است.